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張文宏發(fā)微博:目前無證據(jù)證實D614G變異毒株毒性更強

澎湃新聞高級記者 陳斯斯 記者 高文
2020-07-06 13:49
來源:澎湃新聞
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張文宏稱,目前無證據(jù)證實D614G變異毒株毒性更強。

@張文宏醫(yī)生 微博

7月6日,上海復(fù)旦大學附屬華山醫(yī)院感染科主任張文宏在微博中表示:目前的證據(jù)還無法證實D614G突變病毒株的毒性更強,而且D614G突變不太可能對目前正在研制的疫苗的療效產(chǎn)生重大影響。但是在疫情逐漸進入深水區(qū)之際,后續(xù)還會有較多的不確定性,還需要更多實驗驗證和監(jiān)測變異現(xiàn)象。

當天,“華山感染”微信公眾號發(fā)表了一篇題為《D614G突變: 是否預(yù)示病毒傳播失控與疫苗失效》的文章,詳細解釋,D614G突變是否會影響現(xiàn)在的檢測、治療和疫苗研究。

附:“華山感染”微信公眾號文章《D614G突變: 是否預(yù)示病毒傳播失控與疫苗失效》

2020年7月3日,cell 雜志的一篇研究顯示29%的新冠病毒樣本都出現(xiàn)了D614G的變異,帶有該變異的病毒早已在歐洲及美洲傳播,并且感染細胞的能力較前增強,是否預(yù)示病毒傳播力增強和對尚未上市的疫苗造成失效風險呢?特別是北京這次疫情反彈中發(fā)現(xiàn)的病毒株也有這個突變,后續(xù)會對我國疫情會造成什么樣的影響呢?

什么是D614G突變?

冠狀病毒廣泛的宿主性以及自身基因組的結(jié)構(gòu)特征使其在進化過程中易發(fā)生基因重組,呈現(xiàn)遺傳多樣性。D614G突變指的是新冠病毒的第614氨基酸位點 D(天冬氨酸)到 G(甘氨酸)的突變,位于S蛋白(圖1)。D614G突變的病毒株常伴有5'UTR中的C到T突變(相對于MN908947.3基因組的241位),3037位的C到T突變;在14408位的C到T突變。包含這4個遺傳連鎖突變的單倍型現(xiàn)已成為全球優(yōu)勢形式,根據(jù)GISAID數(shù)據(jù)庫公布的新冠病毒測序結(jié)果,發(fā)現(xiàn)攜帶該突變的病毒株主要歸類于G型、GR型和GH型。

圖片來源:左圖源自網(wǎng)絡(luò);右圖源自Zhang L, Jackson C B, Mou H, et al. The D614G mutation in the SARS-CoV-2 spike protein reduces S1 shedding and increases infectivity[J]. bioRxiv, 2020.

為什么如此關(guān)注D614G突變病毒株?

截止到目前,根據(jù)GISAID數(shù)據(jù)庫上公布的所有新冠病毒基因組序列上一共發(fā)現(xiàn)了超過1萬個不同位點突變,但D614G引起了廣泛的關(guān)注。

1)傳播范圍、數(shù)量以及占比方面:今年3月份之前,攜帶有這個突變的各型病毒株還遠沒有成為全球主流,僅占全球所公布的病毒株測序序列的不到10%。在歐洲最早發(fā)現(xiàn)后不斷擴散傳播到北美洲、大洋洲、南美洲以及亞洲,整個3月,這個數(shù)字猛增到了60-70%。截止到6月底已經(jīng)超過90%。因此,攜帶有這個突變的病毒株已經(jīng)成為了傳播的主要基因型(圖2)。

圖片來源:Korber B, Fischer W M, Gnanakaran S, et al. Tracking changes in SARS-CoV-2 Spike: evidence that D614G increases infectivity of the COVID-19 virus[J]. Cell, 2020.;Daniloski Z, Guo X, Sanjana N, et al. The D614G mutation in SARS-CoV-2 Spike increases transduction of multiple human cell types[J]. bioRxiv, 2020.

2)潛在功能方面:D614G突變是一個錯譯突變(改變氨基酸的變異),而且該突變位于新冠病毒的刺突蛋白(spike protein,S蛋白)上(圖3),該蛋白是新冠病毒入侵人體細胞的核心武器,也是目前許多疫苗和療法所重點針對的目標。因此,刺突蛋白上的突變更容易吸引眾多研究人員的注意—這些突變可能會改變刺突蛋白的結(jié)構(gòu)、性質(zhì)和活力,進而讓病毒更加容易入侵人體細胞。

圖片源自網(wǎng)絡(luò)

為何D614G脫穎而出,席卷全球?

攜帶D614G突變的病毒株在2月才首次被發(fā)現(xiàn),但不是在全球范圍內(nèi)同時爆發(fā)出現(xiàn),D614G變異早期出現(xiàn)在歐洲,當時只占到全球新冠病毒測序序列的10%不到,然后才不斷擴散傳播到北美洲、大洋洲、南美洲以及亞洲,經(jīng)過4個多月的傳播,成為目前傳播的主要基因型。這一現(xiàn)象是因為該突變改變了刺突蛋白的活性,提高了病毒的“攻擊性”和“傳播性”,進而讓病毒更加容易入侵人體細胞么?

后續(xù)在該篇cell發(fā)表的文章中,同樣用體外感染實驗后計算病毒載量發(fā)現(xiàn)D614G突變體病毒載量更高。另外,多個團隊在人肺上皮細胞、hACE2細胞中發(fā)現(xiàn)D614G突變的感染能力增強。

但Cell雜志同期發(fā)表的評論性文章指出,的確帶有D614G變異的新冠病毒在全球范圍內(nèi)成為了統(tǒng)治性傳播的病毒株,同時也給出了支持D614G變異病毒提升新冠病毒感染細胞能力細胞實驗結(jié)果。但D614G變異是否會增強新冠病毒感染人的能力和毒性,目前仍然不能確定,需要更多的臨床數(shù)據(jù)支撐。這些檢測沒有考慮其他病毒或宿主蛋白質(zhì)的影響,以及宿主和病原體之間相互作用等來支持感染和傳播。

G614出現(xiàn)頻率的增加是否必然與傳播性增加相關(guān)呢?不一定!還可能是與大流行的流行病學偶然性來解釋的。2月份以后,中國疫情得到控制,歐洲病例成為世界主流,3月份美國病例又成為主流,美國的絕大多數(shù)SARS-CoV-2世系來自歐洲。病毒分型是否能在一個地區(qū)建立起來,不僅與傳播有關(guān),還與它們被引入的次數(shù)有關(guān)。

因此,中國在國內(nèi)防控穩(wěn)定之后,加強對于輸入的防控,在G614成為全球多數(shù)變種的這段時間里,以D614仍占主導(dǎo)地位的中國由于控制了輸入性病例的傳播,病毒引進數(shù)量在急劇下降。雖然這次北京疫情中發(fā)現(xiàn)了這個D614G突變株,但是由于采取了迅速果斷的防控措施,使得G614的病毒失去了在中國大幅度擴增的機會。同時,中國的抗疫工作取得了巨大的成果,導(dǎo)致D614病毒株在國內(nèi)傳播有效控制,在世界上的比例越來越小,D614G突變病毒株在歐洲和美洲傳播過程中沒有其他競爭對手,導(dǎo)致了一家獨大的現(xiàn)狀。

攜帶D614G突變的新冠病毒株“毒性”更強么?

Korber等在英國的COVID-19病例中發(fā)現(xiàn)感染G614突變體病毒的患者病毒RNA水平較高,但在住院結(jié)果上沒有發(fā)現(xiàn)差異。有學者提出D614G突變和疾病死亡率(case fatality rates)有強相關(guān)性,但仍停留在統(tǒng)計學的關(guān)聯(lián)分析。

首先,不能單用病毒RNA載量來衡量疾病嚴重程度,無癥狀感染者中也存在高滴度病毒,并且以上分析均為關(guān)聯(lián)統(tǒng)計學分析,無明確證據(jù)。同時,目前的證據(jù)提示,D614G對COVID-19的重要性低于其他風險因素,如年齡或其他基礎(chǔ)疾病。因此,目前證據(jù)無法證實D614G突變病毒株的毒性更強。

D614G突變會影響現(xiàn)在的檢測、治療和疫苗研究么?

核酸檢測上目前推薦選用針對新型冠狀病毒的開放讀碼框1ab(open reading frame,ORF1ab)、核殼蛋白(nucleoprotein,N)基因區(qū)域的引物和探針。根據(jù)WHO指南,2019-nCoV引物和探針組設(shè)計中N3用于通用檢測SARS樣冠狀病毒,N1和N2用于特異性檢測SARS-CoV-2,因此D614G突變不影響病毒的核酸檢測。

刺突蛋白的受體結(jié)合區(qū)域(RBD)是目前許多疫苗和療法所重點針對的目標,D614G并不位于RBD區(qū)域。同時,自然感染含有D614或G614的病毒產(chǎn)生的抗體可以交叉中和,因此目前來看,D614G突變不太可能對目前正在研制的疫苗的療效產(chǎn)生重大影響。

另外,目前沒有證據(jù)表明D614G突變會干擾治療策略,如設(shè)計破壞與ACE2的spike結(jié)合的單克隆抗體的藥物。然而,在我們更好地理解D614G在自然感染SARS-CoV-2中的作用之前,任何疫苗或治療設(shè)計都應(yīng)該考慮到該突變的存在和可能的影響。

在新冠病毒的突變中,D614G突變的病毒株由于其的傳播及潛在功能“脫穎而出”,然而病毒株持續(xù)在變異,目前尚無充分證據(jù)證明D614G突變的病毒株的感染性,毒性有加強,尚未觀測到對疫苗和檢測的重要影響,后續(xù)需要更多實驗驗證和監(jiān)測變異的現(xiàn)象。

【參考文獻】

1. Korber B, Fischer W M, Gnanakaran S, et al. Tracking changes in SARS-CoV-2 Spike: evidence that D614G increases infectivity of the COVID-19 virus[J]. Cell, 2020.

2. Grubaugh N D, Hanage W P, Rasmussen A L. Making sense of mutation: what D614G means for the COVID-19 pandemic remains unclear[J]. Cell, 2020.

3. Zhang L, Jackson C B, Mou H, et al. The D614G mutation in the SARS-CoV-2 spike protein reduces S1 shedding and increases infectivity[J]. bioRxiv, 2020.

4. Daniloski Z, Guo X, Sanjana N, et al. The D614G mutation in SARS-CoV-2 Spike increases transduction of multiple human cell types[J]. bioRxiv, 2020.

5. Becerra Flores M, Cardozo T. SARS‐CoV‐2 viral spike G614 mutation exhibits higher case fatality rate[J]. International Journal of Clinical Practice, 2020.

    責任編輯:管卓
    校對:徐亦嘉
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