自新冠肺炎疫情發(fā)生起來，病毒溯源工作基本圍繞武漢華南海鮮市場，疫情初期的大多病例和該市場有關(guān)聯(lián)。不過，新冠病毒起源地目前仍充滿爭議。之前，《柳葉刀》刊發(fā)的最早一批41例患者中的部分患者，以及2019年12月1日發(fā)現(xiàn)的第一例患者，并沒有證明和該市場有關(guān)。

值得注意的是，根據(jù)中國學(xué)者最新的基因組變異研究，關(guān)于新冠病毒是如何進入人類社會的，有了新的見解。其結(jié)論包括：一、華南海鮮市場的新型冠狀病毒可能是從其他地方傳入的，在市場中發(fā)生快速傳播蔓延到市場之外；二、新型冠狀病毒在2月12日（論文數(shù)據(jù)截止時間）之前發(fā)生過2次明顯的種群擴張 ；三、現(xiàn)擴散的病例至少來自于3個途徑 ；四、新冠病毒基因組尚未發(fā)生明顯重組事件 。

這些結(jié)論來自中國科學(xué)院西雙版納熱帶植物園、中國科學(xué)院核心植物園、韶關(guān)大學(xué)英東生物與農(nóng)業(yè)學(xué)院、華南農(nóng)業(yè)大學(xué)、北京腦科學(xué)與類腦研究中心（CIBR）團隊。他們另辟蹊徑，從病毒基因演化角度試圖描繪出病毒傳播路徑，并找出誰有可能是“零號病人”。

該項研究通訊作者為中國科學(xué)院西雙版納熱帶植物園副研究員郁文斌，論文標(biāo)題為“使用整個基因組數(shù)據(jù)解碼新冠病毒的進化和傳播”。研究最早于2月19日發(fā)表在中國科學(xué)院科技論文預(yù)發(fā)布平臺 ChinaXiv 上，2月21日更新發(fā)布第二版。

武漢樣本中沒有祖先單倍型，或從其他地方傳入

在這項研究中，研究團隊使用了來自GISAID EpiFluTM數(shù)據(jù)庫的93個完整的新冠病毒基因組，其中中國患者樣本有54個，包括重慶3個樣本、廣東18個樣本、湖北22個樣本、中國臺灣2個樣本、浙江4個樣本，另外其他5個省份有1個樣本。中國境外包括亞洲其他國家、歐洲、大洋洲、北美洲的39個樣本。樣本采集時間為2019年12月24日至2020年1月5日。

通過對93個樣本的全基因組數(shù)據(jù)解析，新冠病毒的基因組大小在29782bp-29903bp 之間，來自GISAID的EPI_ISL_402131基因組(即bat-RaTG13-CoV)也被列入，目前它的序列被認(rèn)為最接近新冠病毒。研究團隊基于8個編碼區(qū)120個變異位點（包括79個非同義替換和40個同義替換，42個非同義替換改變了氨基酸的生化性質(zhì)），得到58種單倍型（基因類型）。未檢測到明顯的重組事件。

具體來說，這58種單倍型其中被分為5組。其中三個中心單倍型為H1、H3、H13，分別為A組、B組、C組，這三種單倍型被認(rèn)為是古老超級傳播者。D組和E組的中心分別是兩種新的超級傳播者單倍型，即H56和mv2。

58種單倍型中，H13和H38都可能是祖先單倍型，是系統(tǒng)發(fā)育中最基礎(chǔ)的分支。兩者均通過H3衍生出H1，即兩條主要的演化路徑為H13-H3-H1，或者H38-H3-H1。論文提到，兩種情況都表明，H3是祖先單倍型到H1之間的關(guān)鍵。

但值得注意的是，武漢的樣本中都沒有H13和H38這兩種祖先單倍型。

作者們認(rèn)為，H13和H38可能通過一個假設(shè)的中間單倍型mv1與蝙蝠冠狀病毒RaTG13相關(guān)聯(lián)，由于目前的樣品中沒有第一例感染者的樣本和12月初的早期感染者的樣本，最早的祖先單倍型可能還沒有被發(fā)現(xiàn)。演化網(wǎng)絡(luò)表明，假設(shè)的單倍型mv1可能來自中間宿主或第一個被感染的人。

武漢現(xiàn)有的樣本中沒有一份編碼A組中的單倍型。A組的單倍型在遺傳上只與來自武漢的單倍型H3有聯(lián)系(只有1份EPI_ISL_406801)，但該病例與華南市場沒有聯(lián)系。值得注意的是,華南海鮮市場的所有的樣品均有H1單倍型或其衍生(H2, H8-H12)，說明該市場在短期內(nèi)即發(fā)生了傳播感染。

作者們認(rèn)為，可能的情況是，華南海鮮市場的新冠病毒是從其他地方傳播過來，或者至少華南海鮮市場不是新冠病毒的原始來源。有可能是受感染的人將新冠病毒傳染給了市場的工作人員，然后在市場上迅速傳播。擁擠的市場增加了新冠病毒對去過該市場人群的傳播，并于2019年12月初傳播到整個城市，這與估計的種群擴張時間相一致。

而祖先單倍型H38的樣品來自美國華盛頓州的病患（美國首例），該患者于1月15日結(jié)束武漢探親回到華盛頓州。

研究團隊認(rèn)為，現(xiàn)有武漢樣本中沒有檢測到H13和H38單倍型，可能是因為現(xiàn)有樣品主要采自幾家定點醫(yī)院，而且樣品采集時間局限于2019年12月24日和2020年1月5日。如果能在武漢其他醫(yī)院早期的病患檢測到這兩種單倍型，將對于尋找病毒來源非常有幫助。

擴散病例至少來自3個途徑

將58種單倍型分成了五組后分析顯示，廣東的病毒可能有三個來源，重慶和臺灣的病毒有兩個來源。

在中國的54個樣本中，重慶3個樣本、廣東18個樣本、湖北22個樣本、臺灣2個樣本、浙江4個樣本，其他5個省份有1個樣本。

武漢2019年12月24日至2020年1月5日的樣本編碼了13種單倍型，屬于C類和B類。這些關(guān)系表明，新冠病毒在武漢的傳播處于早期階段。H1和H3是湖北以外地區(qū)單倍型的祖先。

從2020年1月10日至1月23日采集的18個廣東樣本，編碼了15種單倍型，屬于A、C、E組，表明有多個來源輸入廣東。三個單倍型(H14、H15、H17)可能在本地演化,表明新冠病毒最初蔓延到深圳時即發(fā)生了人際傳播。來自臺灣的兩個樣本編碼H3和H24，分別屬于B組和D組,重慶的三個樣品編碼H1、H40和H45，分別屬于B組和C組，顯示這兩個省或地區(qū)輸入了兩種來源。C組4個浙江的4個樣本編碼H1、H24，屬于C組，顯示僅從H1單倍型來源輸入。

中國境外總的樣本編碼了31種A-E組的單倍型。其中，2個來自泰國的樣本是H1單倍型，分別來自澳大利亞和比利時的1個樣本是H3單倍型，1個來自美國的樣本是H19單倍型，1個來自新加坡的樣本是H40單倍型。

來自亞洲5個國家的12個樣本編碼了10個單倍型，7個和武漢有關(guān)，3個和深圳有關(guān)。在日本東京，人際傳播可能發(fā)生到H53單倍型患者到H52單倍型患者身上，患者此前從武漢撤回日本。

澳大利亞患者的5個樣本分別編碼B、C和D組的6個單倍型，均與武漢有關(guān)。病例（H3）、病例（H25、H26）、病例（H55,和H1有關(guān)）直接來自武漢，H25到H26發(fā)生了人際傳播，來自昆士蘭同一旅游團。H56患者與H27患者之間的聯(lián)系不明確，因為H56患者于1月25日從武漢飛往悉尼，H27患者于1月15日從武漢飛往墨爾本。

一種可能是有一個中間傳播者，他也傳播了新冠病毒，并且傳染給了法國、美國和中國臺灣的其他病人。

8個歐洲樣本編碼了7個單倍型，來自四個國家的病人。比利時和德國的患者均有武漢旅行史。英國的患者沒有報告與武漢有關(guān)，但有發(fā)現(xiàn)從H28到H29的家族性傳播。法國的患者可能是通過三種不同的途徑感染，即與武漢有關(guān)的H44、與重慶或新加坡有關(guān)的H43，以及與中間傳播者有關(guān)的H30。

來自美國的13個樣本中，有3個來自華盛頓的同一名患者，編碼了相同的單倍型H38，另外3個樣本編碼了8個單倍型，覆蓋了A-E 5組，因此輸入性感染的來源很復(fù)雜。3個單倍型(H1、H19、H38)與武漢相關(guān)，3個(H19、H35、H42)與5個(H41、H58)可能與廣東相關(guān)。其余的單倍型（H36、H37、H57)與非中國患者(H54，越南；H56，澳大利亞)有關(guān)，這兩例患者來自武漢。

總體來看，廣東深圳一家人在早期就通過人傳人進行了傳播。有較多樣本的澳大利亞、法國、日本和美國，他們的患者感染源至少有兩個，尤其是美國包括了五個來源。

非常值得關(guān)注的是H56這個超級傳播者單倍型，它同時是澳大利亞、法國和美國，以及我國臺灣患者的傳染源。其他國家患者因為樣品比較少，大多數(shù)的來源比較單一，他們除了是武漢旅游輸入或在武漢感染外，有一些人可能是在廣東、新加坡等地被感染。

研究還發(fā)現(xiàn)，中國和其他國家之間單倍型樣本的多樣性存在顯著差異。其他國家樣本的單倍型多樣性較高，可能是因為其采樣日期大多在2020年1月22日之后，而中國的樣本則在2020年1月22日之前。此外，作者推測，國際長途航班時的低水平輻射暴露可能加速了新冠病毒的突變率。

研究團隊最后強調(diào)，使用傳統(tǒng)方法對新冠病毒進行流行病學(xué)研究是非常困難的，因為一些有輕微癥狀或無癥狀的感染者在11月底和12月初可能被忽視。此外，被認(rèn)為是新冠病毒發(fā)源地的華南海鮮市場，自2020年1月1日起已關(guān)閉。

他們提到，由于目前可獲得的樣本不包括12月初發(fā)現(xiàn)的第一例感染患者和其他更多患者，因此可能會漏掉最常見的祖先單倍型。如果有來自這些患者的冷凍樣本，就可以進行系統(tǒng)流行病學(xué)研究的基因組測序，以幫助確定新冠病毒的起源地。